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SCPではサンプルを「容器」という単位で管理します。容器タイプごとに最大容量、デフォルト容量（データ登録時の初期値）を設定できます。
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SCPでは、サンプルを収納するフリーズボックス、ラック等を「トレイ」といいます。登録できるトレイタイプの数に制限はありません。トレイタイプごとに容器の収納数・アドレスの表示方法を設定できます。
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サンプル登録方法は、大きく2種類に分けられます。ひとつはSCP上からサンプルを登録する方法、もうひとつはEXCEL等の外部ソフトウェアで編集したデータを登録する方法です。
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登録したサンプル情報は後から編集することができます。一覧画面から検索し対象を絞り込み、単一サンプル、複数サンプルの一括編集が可能です。
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SCPではサンプルが置かれている状態をステータスという分類で管理しており、検索処理や運用管理に利用することができます。
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SCPでは、すべての操作履歴がユーザー単位で記録されます。ユーザーとグループの追加や編集はシステム管理者のみが操作できます。
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SCPでは起動時にログイン処理が必要です。ユーザーIDとパスワードを用いた通常ログイン、スキャン操作のみで処理できるクイックログイン機能があります。
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サンプル拡張項目の作成は、管理者のみが行うことができます。拡張項目を使用するには、使用する項目数を「数値項目」「それ以外の形式の項目」に分けて設定します。
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サンプル情報では、標準で用意された基本項目と、ユーザー独自に設定できる拡張項目を用いて管理することができるほか、画像、アドレス（サンプルのトレイ内の収納位置）、履歴を管理することができます。
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サンプル情報画面では、管理項目の登録・編集時における入力効率の向上や、入力漏れ、誤入力を防止するための支援機能が充実しています。
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